Teroristické útoky se mohou stát v době ozbrojeného konfliktu i v době mírové. Protože MHP je aplikovatelné pouze pro situace ozbrojených konfliktů, neupravuje akty terorizmu, k nimž dojde v době míru.

Požadavek rozlišování mezi civilisty a kombatanty, jakož i zákaz nerozlišujících útoků je jádrem MHP. Protože MHP zakazuje každé násilí namířené proti civilnímu obyvatelstvu (Protokol I., čl. 51, odst. 2 a Protokol II, čl.13, odst.2), zakazuje také následující činy (které v praxi mohou být teroristickými útoky):

• útoky na civilisty a civilní objekty
• nerozlišující útoky
• útoky na místa bohoslužeb
• útoky na zařízení obsahující nebezpečné síly
• braní rukojmí
• zabití osoby neúčastnící se nebo již se neúčastnící nepřátelství.

Naproti tomu užití násilí proti příslušníkům ozbrojených sil (s výjimkou zdravotníků a duchovních) MHP nezakazuje, a to ani tehdy, pokud má takový čin povahu teroristického aktu (neobsahuje-li ovšem jinak MHP zakázané jednání - např. předstírání statusu civilisty). V případě mezinárodního ozbrojeného konfliktu nadto MHP zakazuje stíhat kombatanty za násilí proti kombatantům či vojenským objektům.

Odhlédneme-li od zákazu výše uvedených činů, MHP obsahuje ustanovení o stíhání a trestání porušení těchto zákazů a obsahuje též mechanizmy pro implementaci uvedených závazků, které jsou mnohem rozsáhlejší, než v současnosti platná analogická ustanovení plynoucí z konvencí o potírání a stíhání terorizmu.

Odpovědi na řadu frekventovaných otázek souvisejících se vztahem MHP a „globální války proti terorizmu“ najdete v oficiálním stanovisku MVČK z 21.7.2005